萨摩藩入侵琉球后，开始向琉球派遣官员，测量分配田地，划清国界，制定赋税，强迫琉球割让奄美群岛，要挟琉球向萨摩进贡，琉球政府还要被迫授予萨摩所派人员官品职位。琉球国内的亲明派在战后全部被罢免官职，三司官郑迥被萨摩斩首，向里瑞则被萨摩扣作人质，由亲日的毛凤仪、毛凤朝取代其三司官职务。尚宁王之后，尚丰王十一年，琉球在被萨摩所占岛屿建立馆舍，两国同时派官员管理来往贸易和收税。此后琉球国沦为萨摩藩的傀儡政权。萨摩藩向琉球派遣官员长驻琉球以监视琉球的举动，及至尚贞王二十五年，琉球“创定姑米、马齿两岛，遣大和横目职两员，看守贡船往来”。同时，萨摩藩强占琉球北部奄美诸岛。
大清定鼎原之后，琉球王遣使臣到清朝请求册封。清顺治帝封尚质王为琉球王，但琉球国只是表面成为清王朝的藩属，但实际对萨摩藩称臣。琉球与清朝官方继续朝贡贸易，也需被实际宗主萨摩藩剥削一次。萨摩藩也依靠琉球成为了幕府宣布锁国以后，唯一能以此变相方式获得国际贸易收入的私藩。一八五四年，美国人佩里到日本军事讹诈的时候，曾经要求日本政府开放琉球的那霸港口，日本人以琉球是独立主权国家为由拒绝了。但是佩里掉头去了琉球，琉球国王也不得不再次签下了不平等条约。
如今日本废藩置县，琉球也被纳入了鹿儿岛县，不过仍作为藩国存在。台湾生番所杀的琉球人，从某种意义来说，也可以被理解成日本人了。日本政府想扩张，只能向大陆进军，果兴阿他们一时是惹不起的，捏捏大清这个软柿子可是不错。即便不能侵占大清几亩地，讹诈大清一笔钱财也是不错的，他们刚刚被果兴阿给敲了一笔。
日本以新皇登基交换日修好规条为幌子，派来了参议兼外务卿副岛种臣一行来华，，刺探清廷对台湾主权认识的虚实。副岛种臣很慎重，因为他这次的平衡不太好掌握，日本的国力眼下还不行，若是讹人不成，把大清给惹毛了，他们日本也扛不住。但是副使柳原前光较张扬了，他不是不小心，而是他找到了足够的自信。国的官员里不是没有干吏，但是这些人的思想非常陈旧，根本跟不形势。自问学贯西的柳原前光，相信自己绝对可以搞定这些不同西学的国人。
“琉球难民入台湾岛避难，却惨遭杀戮，凶手至今仍逍遥法外，实在是骇人听闻”柳原前光试探着，他非常想知道大清对这件事的看法，而且他非常聪明，决口不提琉球为日本领土一事，好像是随便问问。
“蕃民杀害琉民，我们早已知晓。琉球、台湾二岛俱我属土，属于土人互相杀害，裁决之权完全在我。我抚恤琉人，自有措置，与贵国何干，而劳烦过问”工部尚书兼总理衙门大臣毛昶熙，完全不懂近代西方“主权”理念，只是依据实情给了日本人一个答复，而且这个答复非常的得体。
“既然知道抚恤琉球之人，却为何不惩罚台湾番人”柳原前光还是不提琉球归属，只是问为什么不惩办凶手。
“杀人者皆属生蕃，故且置之化外，未便穷治。日本之虾夷，美国之红蕃，皆不服王化，此亦万国之所时有。” 毛昶熙还是知道些外国事务的，只是他的观念依旧是天下观。
“人命关天岂可”副岛种臣还想据理力争，但却被柳原前光从背后拉了一下。副岛种臣话说了一半，便给副手叫停了，只能向毛昶熙告辞，退出总理衙门商议。
“清臣所言并非正理，何不据理力争”副岛种臣还是很实在的，所以退出总理衙门之后，在大街便质问起了柳原前光，反正国的大街也没人听得懂日语，他们也不用担心保密的事。
“生番化外，未便穷治番地不受清国管制，便不是清国的领土，我们和他们浪费什么口水，自去征讨生番便是了”柳原前光直接曲解了毛昶熙的意思，把不好管，直接给解释成了管不了。凭着这么一句话，把台湾东部的领土给弄成无主之地了。
柳原前光的这套歪理，也不是他自己编出来的，也有历史渊源可以追溯同治六年二月，美国商船“rover号”在台湾东海岸洋面失事，登岸人员为当地“生番”所杀。美国驻厦门领事威尔逊找到闽浙总督衙门交涉，清廷地方官员为了推托责任，即提出了当地土番“非归王化”的说法。
威尔逊自然无法认可清廷地方官的推托之辞，责备道：“两百年来，国人在台湾的活动地区，配合着国政府施及台湾的行政权力，由西岸以至东岸，逐步扩张，事实从未承认生番领有其现住土地的主权，西岸的居民，经常贩购生番地区的物产，而生番地区出产的樟脑，且成为台湾官府的品，不容外人自由采购输出，违者则严行惩治，所谓生番地区不属国管辖的说法，实毫无依据。”
交涉此事的福建台湾镇总兵刘明灯、福建台湾道兼学政吴大廷，则在针对此事给朝廷的奏折里开头即称：“生番之地，鸟道羊肠，箐深林密，自来人迹所罕到，亦版图所未收。我朝设土牛之禁，严出入之防，所以戢凶残而重人命，用意固深远也。”
这些深受国传统“天下观”熏陶，而对近代世界“领土主权”概念一无所知的地方官们，自鸣得意地以为自己找到了一条极好的推托事件责任的理由，于是在奏折里一厢情愿地认为：“特以人非华民，地非化内，克日图功，万难应手，准理度情，洋人亦当见谅。”
事情最终捅到总理衙门。会商之后，总理衙门并未否定闽浙地方的交涉措辞，但同时密函指示闽浙各相关官员，特意强调了台湾“生番”地区的版图归属问题：“告以生番虽非法律能绳，其地究系国地面，与该国领事等辩论，仍不可露出非国版图之说，以致洋人生心”。在总理衙门的政治话语体系里：一、台湾“生番”地区属于“国地面”，是国疆土无疑；二、“生番”未归“王化”，国法律无法管辖“生番”。这两者是可以并存不悖的，后者并不是对前者的否定。前者近似于近代西方的“领土主权声明”；后者则是基于传统国的“天下观”。
在传统的“天下观”体系，总纲乃是“普天之下，莫非王土”，历代央王朝自视为明的心。自心向外辐射，依照“开化”程度的不同，存在着不同的层级。依次包括：世居其地，为国守疆的番、苗、夷及地方土司；代守门户、纳贡称臣的四裔藩属；藩属之外，则是未知之地。其经典描述则是：国居天下之，四夷居天下之偏。国与夷蛮戎狄五方之民共为“天下”、同居“四海”。这种“天下观”里没有具体的领土主权界限，一切视“明开化”程度而定。
康熙年间清廷将台湾纳入版图之后，其“理番”政策始终基于这种“天下观”理念台湾全岛虽属版图之内，但其民众依受教化程度高低，被划分为民、番两级；“番”又分两种：一是“其深居内山未服教化者为生番”，二是“